Banisadr daha sonra İran’ın ekonomi ve dışişleri bakanı olarak görev yaptı ve İslami din adamlarının yardımıyla cumhurbaşkanı oldu. Başından itibaren ABD büyükelçiliği rehine krizi ve İran-Irak savaşı da dahil olmak üzere büyük zorluklarla karşı karşıya kaldı, ancak hepsinden önemlisi köktendinci din adamlarının muhalefeti.
